Antes de cargarte el disco duro, porque es un coñazo perder todos los datos o hacer backups. ¿Que particion tenias marcada como arranque?
Si no tenias marcada la primera del disco duro, tambien puede ser por eso. Prueba a hacerlo.
Arranca con el liveCD y ejecuta la herramienta de particiones.
Yo tuve tambien problemas con las particiones al instalar Ubuntu, tuve algo parecido.
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