hay mods del emule que se puede ocultar una de ellas creo que es la phenix, tiene una opcion que es modo invisible si tu la conectas el emule no aparece en ningun lado ni en la barra del escritorio, solose pueder saber que esta conectado dandole al proceso de windows, para volverlo visible tienes que apretar 3 teclas a la vez que tu hayas seleccionado, si estas usando el emule oficial creo que no tiene esta opcion