En realidad nunca he probado ni intentado hacer eso, pero el problema está en que el sistema pregunta que si estás seguro de que quieres formatear el disco duro cuando pones el comando format c:
Naturalemte, cualquier persona que sepa leer, y tenga en claro lo que significa formatear, le dirá que no, se pondrá en contacto con el soporte técnico y te descubrirán
En resúmen, el poner el comando format c: en el autoexec sólo funcionaría en el caso de que fuera un niño de 4 o 5 años quien prendiera la computadora
Saludos