Para que arranque junto con windows se puede hacer principalmente de 3 formas,
1. Poniendo el acceso directo en programas->Inicio.
2. Escribiendo la ruta del programa en el archivo win.ini
3. Modificando el registro, ahorita no recuerdo bien donde.

Puedes minimizarlo al icon tray para que no esté visible y no moleste a quien use el equipo. Para que ejecute acciones cada determinado tiempo basta con un timer.

Un saludo