Bueno colega lo mas facil seria k buscases un diskette de arranque de win 98 e inicies el pc con el disko puesto para k te cree una unidad virtual... ya cuando te salga el simbolo del sistema colocas: scan disk c: y deja k se ejecute el programa.. de haber un error deberia señalartelo el mismo programa y repararlo automaticamente.....
Ahora bien tienes 2 opciones, o le reinstalas el win 98 nuevamente para k te olvides de todos los problemas o te copias los archivos del diskette de aaranque en el sistema (mejor por el ms-dos) y asi intentas reemplazar el dañado con el nuevo..
Espero k te sirva de algo