Puedes aprovecharte de los permisos NTFS y ponerlas solo para que un usuario pueda acceder al contenido. Es la manera mas sencilla sin necesidad de encriptar. Si a eso le añadimos el añadirle la propiedad a la carpeta de oculta. Nadie que no tenga mucha idea sabra que tienes ahi y si intenta acceder sin el usuario correcto. No podra.