Nop, ningun problema. Siempre y cuando compiles usando la libreria winsocks y tengas un entorno de red. Es decir no programes con winsock en RED, y después compiles para MS-DOS. Aunque uses la consola, y compilas para Win32 podras utilizar API's de windows y lo que te de la gana xD
En resumen, que si puedes usarlas.