Hola! Puesssss... si estas hablando de una máquina windows, a la carpeta startup es lo mas fácil, puede estar en varios sitios segun la versión, en un windows 10 actual en castellano, sería en Este equipo > Disco Local > ProgramData > Microsoft > Windows > Menú Inicio > Programas > Inicio

Otras rutas para usuario abierto o todos los usuarios:
Usuario actual: C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\StartUp
Todos los usuarios: C:\Users\[USUARIO]\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startupp

Si es una máquina linux, pues al /etc/init.d de toda la vida