El MCRF355/360 se utiliza en el circuito pasivo... (lo que en tu primera imagen aparece como "chip"), y contiene la información del producto. Si en tu proyecto no forma parte el diseño del circuito pasivo, entonces no te hará falta utilizar este IC en ningún momento, salvo a lo mejor para realizar algún test o similar.

El EM4094 se utiliza como lector del circuito pasivo, y es un IC específico para este propósito. Genera la portadora ya a 13.56MHz, y se encarga de demodular los datos recibidos del circuito pasivo, con lo cual te ahorras gran parte de circuitería (lo que vendría a ser parte de tu segunda imagen)

Lo que quieras "agrupar" con un IC, un microcontrolador o un microprocesador, ya es otro tema... También puedes optar en el circuito lector, simplemente por usar un sólo circuito RL para la generación de la portadora y recepción de datos, y con un sólo microcontrolador programado adecuadamente, realizar la demodulación, amplificación, filtrado, conversión A/D y transmisión RS232, y así te ahorras usar ningún IC específico, como es el caso del EM4094. Lo que vendría a ser unir en un sólo bloque tu imagen 2 y 3.

Todo depende de cuanta parte quieres dedicar a "circuitería" o "hardware" y cuanta parte a "software".

Te lo digo porque el EM4094 es un IC con un encapsulado pequeño (SOIC), y tal vez su manejo te resulte difícil (por ejemplo a la hora de soldar), a menos claro está que dispongas de herramientas adecuadas.

Un saludo.