Dos XP y una instalación en C

Hola
En el mismo disco C tengo instalado Windows XP Professional dos veces y también creo que tengo una instalación a la mitad. Cuando inicio me sale una pantalla que en dice que elija con cual quiero arrancar, de las tres que salen solo me arranca bien con la primera (en carpeta NUEVO)..
El Windows que me funciona BIEN está en una carpeta llamada NUEVO
El Windows que me funciona MAL está en una carpeta llamada WINDOWS

Mis preguntas son:
¿Puedo borrar la carpeta WINDOWS sin que me afecte al sistema solo eliminando la carpeta del explorador ó tengo que hacer algún paso más?

¿Qué línea o líneas tengo que borrar del boot.ini para que arranque y no me salga la pantalla donde elegir iniciar Windows?
Esto es lo que me sale en el bloc de notas archivo boot.ini
[Boot Loader]
Timeout=5
Default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\NUEVO
[Operating Systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\NUEVO="Microso ft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Micro soft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect
C:\$WIN_NT$.BT\BOOTSECT.DAT="Instalar Microsoft Windows XP Professional"

¿Primero tengo que borrar en C el archivo WINDOWS y después borra las líneas en el boot.ini ó tiene que ser al revés?

Saludos y gracias

Lo mas facil es borrar la linea del boot.ini (y haber hecho una copia de seguridad antes por si acaso), y comprobar que el sistema te va bien antes de borrar la carpeta de windows, aunque tal vez lo mas adecuado sea formatear he instalarlo todo de cero.