W2k to Linux

Buenas gente,
Hoy me han encomendado una tareita de esas que tocan un poco la moral y acudo a vosotros para ver como puedo solucionar.
Se trata de un servidor de archivos que tengo en un w2k que hay que pasar a un Linux (en debian lo voy hacer),

Me piden que mantenga la estructura de los archivos hasta aquí facil.
Luego me piden que conserve la misma estructura de permisos del w2k tres niveles hacia dentro y aquí es cuando me cago por la pata abajo.

No tengo documentación de como están organizadas esas carpetas. Así que como no haya algo que escanee dichas carpetas y escupa los permisos de a quienes están asignadas tendré que ir a manita mirando carpeta por carpeta y apuntándomelo...

Socorro!! :eek:
Un saludo.